MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Sinorhizobium fredii USDA 257 plasmid pUSDA257

Total Repeats: 100

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_018196	CCG	2	6	771	776	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356382
2	NC_018196	CAT	2	6	835	840	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356382
3	NC_018196	GA	3	6	896	901	50 %	0 %	50 %	0 %	398356382
4	NC_018196	GGC	2	6	904	909	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356382
5	NC_018196	GC	3	6	996	1001	0 %	0 %	50 %	50 %	398356382
6	NC_018196	ATC	2	6	1055	1060	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356382
7	NC_018196	TCC	2	6	1160	1165	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356382
8	NC_018196	TCA	2	6	1176	1181	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356382
9	NC_018196	GCG	2	6	1210	1215	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356382
10	NC_018196	GCA	2	6	1269	1274	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356382
11	NC_018196	TCG	2	6	1334	1339	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356382
12	NC_018196	TTG	2	6	1352	1357	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356382
13	NC_018196	TTC	2	6	1370	1375	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356382
14	NC_018196	TGA	2	6	1398	1403	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356382
15	NC_018196	TGC	2	6	1419	1424	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356382
16	NC_018196	GTT	2	6	1429	1434	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356382
17	NC_018196	CCA	2	6	1438	1443	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356382
18	NC_018196	CGAG	2	8	1492	1499	25 %	0 %	50 %	25 %	398356382
19	NC_018196	TCG	2	6	1578	1583	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356382
20	NC_018196	ACG	3	9	1691	1699	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356382
21	NC_018196	GCG	2	6	1715	1720	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356382
22	NC_018196	CCT	2	6	1731	1736	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	398356382
23	NC_018196	GA	3	6	1787	1792	50 %	0 %	50 %	0 %	398356382
24	NC_018196	CCG	2	6	1803	1808	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356382
25	NC_018196	CGGCC	2	10	1816	1825	0 %	0 %	40 %	60 %	398356382
26	NC_018196	CGC	2	6	1902	1907	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356382
27	NC_018196	CGG	2	6	1944	1949	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356382
28	NC_018196	A	6	6	1958	1963	100 %	0 %	0 %	0 %	398356382
29	NC_018196	CGA	2	6	1964	1969	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356382
30	NC_018196	GCC	2	6	2038	2043	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356382
31	NC_018196	CAG	2	6	2047	2052	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356382
32	NC_018196	GTG	2	6	2072	2077	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356382
33	NC_018196	CGG	2	6	2079	2084	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356382
34	NC_018196	ATC	2	6	2093	2098	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356382
35	NC_018196	GCC	2	6	2144	2149	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356382
36	NC_018196	CAG	2	6	2161	2166	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356382
37	NC_018196	TCA	2	6	2193	2198	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356382
38	NC_018196	GGT	2	6	2220	2225	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	398356383
39	NC_018196	ACC	2	6	2281	2286	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356383
40	NC_018196	TTG	2	6	2305	2310	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356383
41	NC_018196	CAG	2	6	2319	2324	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356383
42	NC_018196	CCGG	2	8	2366	2373	0 %	0 %	50 %	50 %	398356383
43	NC_018196	TC	3	6	2399	2404	0 %	50 %	0 %	50 %	398356383
44	NC_018196	A	7	7	2406	2412	100 %	0 %	0 %	0 %	398356383
45	NC_018196	CTT	2	6	2461	2466	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356384
46	NC_018196	TG	3	6	2689	2694	0 %	50 %	50 %	0 %	398356385
47	NC_018196	CGT	2	6	2703	2708	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356385
48	NC_018196	CGT	2	6	2744	2749	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356385
49	NC_018196	CGC	2	6	2787	2792	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356385
50	NC_018196	AGG	2	6	2807	2812	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	398356385
51	NC_018196	GC	3	6	2889	2894	0 %	0 %	50 %	50 %	398356385
52	NC_018196	GTC	2	6	3024	3029	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356386
53	NC_018196	CTG	2	6	3056	3061	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356386
54	NC_018196	TCA	2	6	3064	3069	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356386
55	NC_018196	CTG	2	6	3078	3083	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356386
56	NC_018196	TGC	2	6	3119	3124	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356386
57	NC_018196	TCG	2	6	3160	3165	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356386
58	NC_018196	GC	3	6	3177	3182	0 %	0 %	50 %	50 %	398356386
59	NC_018196	TTCG	2	8	3192	3199	0 %	50 %	25 %	25 %	398356386
60	NC_018196	GCAG	2	8	3240	3247	25 %	0 %	50 %	25 %	398356386
61	NC_018196	CGC	2	6	3275	3280	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356386
62	NC_018196	TGA	2	6	3289	3294	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356386
63	NC_018196	CTG	2	6	3297	3302	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356386
64	NC_018196	GGC	2	6	3314	3319	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356386
65	NC_018196	GGCT	2	8	3333	3340	0 %	25 %	50 %	25 %	398356386
66	NC_018196	GAC	2	6	3341	3346	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356386
67	NC_018196	CAA	2	6	3365	3370	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	398356386
68	NC_018196	TGA	2	6	3409	3414	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	398356386
69	NC_018196	CGG	3	9	3436	3444	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356386
70	NC_018196	AAG	2	6	3501	3506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	398356386
71	NC_018196	CTG	2	6	3533	3538	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356387
72	NC_018196	TCG	2	6	3540	3545	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356387
73	NC_018196	TTG	2	6	3570	3575	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	398356387
74	NC_018196	GGC	2	6	3600	3605	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356387
75	NC_018196	GGC	2	6	3637	3642	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356387
76	NC_018196	CGG	2	6	3646	3651	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	398356387
77	NC_018196	TCT	2	6	3709	3714	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	398356387
78	NC_018196	GCA	3	9	3727	3735	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356387
79	NC_018196	CCGC	2	8	3762	3769	0 %	0 %	25 %	75 %	398356387
80	NC_018196	CGA	2	6	3778	3783	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356387
81	NC_018196	CCA	2	6	3835	3840	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	398356387
82	NC_018196	TCG	2	6	3966	3971	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356387
83	NC_018196	CG	3	6	3981	3986	0 %	0 %	50 %	50 %	398356387
84	NC_018196	CGCT	2	8	3989	3996	0 %	25 %	25 %	50 %	398356387
85	NC_018196	CGT	2	6	4027	4032	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356387
86	NC_018196	CTG	2	6	4181	4186	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356387
87	NC_018196	GCC	2	6	4190	4195	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356387
88	NC_018196	CGTGG	2	10	4230	4239	0 %	20 %	60 %	20 %	398356388
89	NC_018196	ATC	2	6	4243	4248	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	398356388
90	NC_018196	GCT	2	6	4257	4262	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	398356388
91	NC_018196	TG	3	6	4263	4268	0 %	50 %	50 %	0 %	398356388
92	NC_018196	ACG	3	9	4328	4336	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	398356388
93	NC_018196	CGGAG	2	10	4368	4377	20 %	0 %	60 %	20 %	398356388
94	NC_018196	CG	3	6	4476	4481	0 %	0 %	50 %	50 %	398356389
95	NC_018196	GC	3	6	4492	4497	0 %	0 %	50 %	50 %	398356389
96	NC_018196	GATG	2	8	4542	4549	25 %	25 %	50 %	0 %	398356389
97	NC_018196	CG	3	6	4560	4565	0 %	0 %	50 %	50 %	398356389
98	NC_018196	GCC	2	6	4600	4605	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	398356389
99	NC_018196	GACA	2	8	4621	4628	50 %	0 %	25 %	25 %	398356389
100	NC_018196	GC	3	6	4639	4644	0 %	0 %	50 %	50 %	398356389

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.